公元前362年，秦孝公继位。当时黄河和崤山以东的战国六雄已经形成，淮河、泗水之间有十多个小国。周王室势力衰微，诸侯间用武力相互征伐吞并。秦国地处偏僻的雍州，不参加中原各国诸侯的盟会，被诸侯们疏远，像夷狄一样对待。秦孝公继位后以恢复秦穆公时期的霸业为己任，在国内颁布了著名的求贤令，命国人、大臣献富国强兵之策。
公叔痤死后，商鞅听说秦孝公在国内发布求贤令，便携带李悝的《法经》投奔秦国，通过秦孝公的宠臣景监见孝公。商鞅第一次用帝道游说秦孝公，孝公听后直打瞌睡并通过景监指责商鞅是个狂妄之徒，不可任用。五日后，商鞅再次会见秦孝公，用王道之术游说，孝公不能接受并再次通过景监责备商鞅。商鞅第三次会见秦孝公时用霸道之术游说，获得孝公的肯定但没有被采用，但商鞅此时已领会孝公心中的意图。最后商鞅见孝公时畅谈富国强兵之策，孝公听时十分入迷，膝盖不知不觉向商鞅挪动，二人畅谈数日毫无倦意。 景监不得其解，向商鞅询问缘由。商鞅说秦孝公意在争霸天下，所以对耗时太长才能取得成效的帝道、王道学说不感兴趣。 公元前359年，秦孝公打算在秦国国内进行变法，又害怕国人议论纷纷，所以犹豫不决。秦孝公召开朝会命臣工商议此事。
旧贵族代表甘龙、杜挚起来反对变法。他们认为利不百不变法，功不十不易器。“法古无过，循礼无邪。”商鞅针锋相对地指出：“前世不同教，何古之法？帝王不相复，何礼之循？”“治世不一道，便国不法古。汤、武之王也，不循古而兴；殷夏之灭也，不易礼而亡。然则反古者未必可非，循礼者未足多是也。”从而主张“当时而立法，因事而制礼”（语出《商君书·更法篇》、《史记·商君列传》）。这是以历史进化的思想驳斥了旧贵族所谓“法古”“循礼”的复古主张，为实行变法作了舆论准备。 颁布垦草令
主条目：垦草令
变法之争结束后，秦孝公于公元前359年命商鞅在秦国国内颁布《垦草令》，作为全面变法的序幕。其主要内容有：刺激农业生产 、抑制商业发展（现代解释错误，应该解释为鼓励商）、重塑社会价值观，提高农业的社会认知度、削弱贵族、官吏的特权，让国内贵族加入到农业生产中、实行统一的税租制度 等改革方略。
第一次变法
主条目：商鞅变法
《垦草令》在秦国成功实施后，秦孝公于公元前356年任命商鞅为左庶长，在秦国国内实行第一次变法 。其主要内容有：改革户籍制度 实行什伍连坐法、明令军法奖励军功、废除世卿世禄制度 、建立二十等爵制 、严惩私斗、奖励耕织重农抑商、改法为律制定秦律、推行小家庭制 等改革方略。
第二次变法
咸阳（今陕西省咸阳市东北）位于关中平原中部，北依高原，南临渭河，顺渭河而下可直入黄河，终南山与渭河之间可直通函谷关。为便于向函谷关以东发展，秦孝公于公元前350年命商鞅征调士卒，按照鲁国、卫国的国都规模修筑冀阙宫廷，营造新都，并于次年将国都从栎阳（今陕西省渭南市富平县东南）迁至咸阳，同时命商鞅在秦国国内进行第二次变法 。其主要内容有：开阡陌封疆 ，废井田，制辕田，允许土地私有及买卖 、推行县制、初为赋 、统一度量衡、燔诗书而明法令，塞私门之请，禁游宦之民 、执行分户令禁止百姓父子兄弟同居一室 等改革方略。 公元前338年，秦孝公去世，太子驷即位，即秦惠王。 公子虔等人告发商鞅“欲反”，秦惠王下令逮捕商鞅。商鞅逃亡至边关，欲宿客舍，客舍主人不知他是商君，见他未带凭证，告以商君之法，留宿无凭证的客人是要治罪的。商鞅想到魏国去，但魏国因他曾生擒公子卬，拒绝他入境。
商鞅回秦后被迫潜回封邑商，发动邑兵攻打郑县（今陕西省华县）。秦惠文君派兵攻打，结果商鞅失败战亡。 其尸身被带回咸阳，处以车裂后示众。秦惠文君同时下令诛灭商鞅全族。商鞅虽然被害，但新法并未被废除。