哈佛刘如谦团队开发新型病毒样颗粒,已在小鼠视网膜和大脑实现高效先导编辑,为发展基因编辑疗法带来新可能 哈佛刘如谦团队开发新型病毒样颗粒,已在小鼠视网膜和大脑实现高效先导编辑,为发展基因编辑疗法带来新可能
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2024-02-09 14:33:15
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在基因编辑技术领域,哈佛大学教授 David R.Liu() 实验室曾做出不少突破性成果。他们曾开发了碱基编辑器(BE,base editor)和先导编辑器(PE,prime editor),从而能够准确地更改基因中的碱基,进而有望治疗因基因突变产生的疾病。

其中,先导编辑器更是成为近年来最受瞩目的基因编辑技术之一。但是,如何将这些新的编辑技术,以安全、有效的方式递送到生物体内,仍是一个亟待突破的问题。

目前,已经开发出来的两大类可递送技术,都可以递送像基因编辑蛋白那样的大分子载体。

这两种递送技术主要是:

一是利用一些病毒能够进入生物体的能力,来移除病毒本身的基因,将其取代为基因编辑蛋白的 DNA,让基因编辑蛋白在递送后,可以在细胞内表达并编辑相应的基因;

二是利用非病毒载体,最具有代表性便是已被广泛用于疫苗的固体脂质纳米粒。

但是,病毒型载体和非病毒型载体,各有各的优点和缺点。

病毒型载体,往往可以实现高效的递送,但是由于可递送的 DNA 大小,受限于病毒本身的基因大小,因此大分子蛋白往往要被一分为二,只有这样才能载入到两个载体中进行递送。

而且当把基因编辑器以 DNA 形式递送之后,会长期在细胞内表达,因此可能会产生一些副作用。

非病毒型载体,主要采用 mRNA 形式或蛋白形式来递送基因编辑器,所以在进入细胞体内很快就会被分解。然而,在肝以外的器官之中,当前固体脂质纳米粒技术的递送效率并不乐观。

因此,仍然需要一个新的载体,它不仅可以有效地递送大分子蛋白,而且没有大小的限制,最好能以短期内可自然分解的 mRNA、或蛋白的形式递送,并且可以高效递送到器官中。

两年之前,该团队开发了病毒样颗粒(eVLP,engineered virus-like particle)来递送碱基编辑器 [1]。


图 | BE-eVLP(来源:Cell, 2022)

病毒样颗粒,是一个类似病毒的载体,它具有病毒的外核,但是不包含病毒的基因,同时可以载入 mRNA 和蛋白,并能有效地递送到细胞内。

可以说,eVLP 结合了病毒类和非病毒类的优点,并排除了它们各自的缺点,因此是一个非常理想的基因编辑器载体。

因此,该团队也着重提高了在生产 eVLP、载入和递送碱基编辑器时的效率,让碱基编辑器能被高效率地递送到各类细胞以及大脑、肝、眼睛等器官。

据了解,上一代的碱基编辑器可以将 DNA 碱基中的“A”更改为“G”, 或者将“C”更改为“T”。而新一代的先导编辑器既能实现任意的更改,也能实现小规模 DNA 的增加和删除,因此使用起来更加灵活,应用范围也更广泛。

在近期一项研究中,该课题组的博士生安美睿和同事通过优化先导编辑器的载入和递送,开发了第三代 PE-eVLP,填补了此前的技术空白地带,为递送先导编辑器增加了一个新选项。


图 | 安美睿(来源: 安美睿)

这样一来,先导编辑器不再需要被分载于多个载体,并能以可快速分解的蛋白形式递送,从而能够极大提高安全性、有效性和可生产性。

2023 年 12 月,美国食品药品监督管理局批准了首个利用 CRISPR-Cas9 系统治疗基因疾病的药物。目前,利用碱基编辑器的临床试验正在进行中。

“预计在未来几年之内,业内也将开展关于先导编辑器的临床试验,以用于治疗广泛的基因疾病。届时,利用 eVLP 递送先导编辑器的方式,或能在一些领域发挥用武之地。”安美睿表示。

之所以能有这份底气,是因为她和所在团队针对基因突变引起 rd12 视盲症的小鼠模型,利用 PE-eVLP 递送先导编辑器后,7% 的小鼠视网膜细胞通过基因编辑得到了正确的基因顺序。

并且这些小鼠不同程度地恢复了视力,这个案例有力证明了 PE-eVLP 被用于治疗基因疾病的潜力。


(来源:Nature Biotechnology)

事实上,安美睿刚来到该课题组的时候,组里正在进行 BE-eVLP 的开发,效果也非常不错。当时,负责开发 BE-eVLP 的同事,曾经探索过能否直接照搬递送碱基编辑器的系统来递送先导编辑器。

然而,答案是否定的。因为仅仅简单地把碱基编辑器换成先导编辑器,并不能有效地将先导编辑器于细胞内。

于是,在安美睿加入实验室之后,她和同事决定专注于提高先导编辑器的递送。研究中他们发现,虽然先导编辑器和碱基编辑器的构造大体雷同,但是由于先导编辑器的很多特性,导致其递送效率降低。

通过剖析 eVLP 的形成、以及载入蛋白到递送蛋白的每个过程,他们发现了影响递送效率的因素,并利用不同策略优化了这些负面因素。

比如,用于先导编辑器的 gRNA(pegRNA),比用于碱基编辑器的 gRNA(sgRNA)结构更加复杂。

因此,pegRNA 的递送效率相比 sgRNA 要低很多。后来,他们通过制定相关策略,提高了先导编辑器 pegRNA 的递送效率。

事实上,每一次优化所带来的进步都很微小,很多时候优化之后只比前一代提高 1.2 倍左右。甚至连安美睿自己也开始怀疑,这么一点点的提高值得被认为是“进步”吗?

而当第二代 PE-eVLP 在培养皿细胞中的递送效率得以显著提高后,他们进一步开展了动物实验,测试了 PE-eVLP 在小鼠大脑的递送效率。

然而测试结果比较惨淡,于是他们继续进行优化,最终让第三代 PE-eVLP 在小鼠模型的大脑和眼睛上都得到了优秀效果。

不积跬步无以至千里,经过一层又一层的优化后,通过一个又一个小进步的积累,她和同事收获了十分可观的成果,相比第一代 PE-eVLP 在一些应用中的效率,第三代 PE-eVLP 的效率最终得到了 170 倍的提高。


(来源:Nature Biotechnology)

也正是在这项研究之中,安美睿第一次成为项目主导人。为了表征 PE-eVLP 在生物体中的递送效率,必须得做小鼠实验。

她说:“在进入这个项目之前,从未想象过自己会去做动物实验,之前我几乎害怕所有的动物。师姐可以几秒内灵活地抓住一只小鼠,我却需要先做心理准备,等到最后完成动作,往往需要几倍的时间。”

但是接触多了,她发现只要规范操作,就没有什么做不到的事。同时,她还学会了麻醉、注射、解剖等技能。

最终,相关论文以《用于体内瞬时递送引物编辑器核糖核蛋白复合物的工程病毒样颗粒》()为题发在 Nature Biotechnology[2]。

安美睿是第一作者,哈佛大学 教授担任共同通讯作者。

图 | 相关论文(来源:Nature Biotechnology)

论文发表之后,也有一些其他实验室向他们提出合作邀请。因此,后续安美睿计划专注于开拓 PE-eVLP 在不同情境中的应用,从而实现更多的功能。


参考资料:

1.Banskota, S., Raguram, A., Suh, S. et al. (2022) Engineered virus-like particles for efficient in vivo delivery of therapeutic proteins. Cell, 185(2), 250-265 e216. https://doi.org/10.1016/j.cell.2021.12.021

2.An, M., Raguram, A., Du, S.W.et al. Engineered virus-like particles for transient delivery of prime editor ribonucleoprotein complexes in vivo. Nat Biotechnol (2024). https://doi.org/10.1038/s41587-023-02078-y

运营/排版:何晨龙



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