SRATOOLKIT安装使用教程for_win

1. 软件下载

官网下载：https://github.com/ncbi/sra-tools/wiki/01.-Downloading-SRA-Toolkit

内部下载：http://192.168.1.124/sratoolkit/sratoolkit.current-win64.zip

下载完成后解压到d盘D:\sratoolkit

2. 设置环境变量，在搜索栏搜索“高级系统设置”

在环境变量中

点path再点编辑

点新建，添加D:\sratoolkit\bin

确定，再确定，再再确定。

3. 使用sratoolkit的prefetch下载

在d盘建立下载目录sradownload

按windows键+R 输入cmd

输入d: 回车切换到d盘

C:\Users\huangshumao>d:

d:\>cd d:\sradownload

d:\sradownload>

以下载ERR315468为例

prefetch ERR315468

4. 将SRA文件转换成fastq文件

下载完成后使用命令fastq-dump ERR315468 需在命令行d:\sradownload>中运行

转换完成后可以找到fastq文件，

文件个数可能跟用户的磁盘格式或目录有关，同样的命令在c盘执行，却生成了2个文件。