公元前22世纪，这里属于早期肃慎王国。扶余历史悠久，早在西汉初期，这里便建立了中国东北地区第一个地方农业制国家——扶余国（都城长春），扶余国的农业畜牧业已经十分发达，开创了北疆历史文化的先河。
位于松花江干流南岸，北以松花江与肇源县分界。今吉林省松原市扶余一带，清代，属吉林将军伯都讷副都统辖地，副都统驻伯都讷城。伯都讷城是清初“边外”（柳条边）七大军事重镇之一。1682年（清康熙二十一年），设立伯都讷站，是宁古塔将军境内西部通往齐齐哈尔城的重要通道。
1693年（清康熙三十二年），在伯都讷驿站南20里处建新城，名伯都讷新城（今扶余镇），添设伯都讷副都统专城驻防。
1811年（清嘉庆十六年），设置伯都讷厅，驻伯都讷新城，同时设分防巡检一员，驻孤榆树屯（今榆树市），隶属伯都讷厅。
1906年2月15日（清光绪三十二年正月二十二日），伯都讷厅升改新城府，驻新城，与伯都讷副都统同城；孤榆树屯巡检改设榆树县，由新城府领。翌年4月，裁将军，改隶吉林行省西北路道。
1909年6月2日（清宣统元年四月十五日）批准，裁撤伯都讷副都统。
中华民国成立后，1913年3月，改为新城县。隶属吉林省西北路道。
1914年2月，因与河北、山东等省新城县重名，奉令改称扶余县。同年6月，西北路道改称滨江道，隶属滨江道。
1929年2月，废止道制，由吉林省直辖。东北沦陷后，隶属吉林省管辖。
1945年“九三”抗日战争胜利后，初隶吉江行政区，1946年5月划归嫩江省管辖。
1949年5月，划归吉林省管辖。
1956年隶属公主岭专区，1958年10月改隶白城专区。
1987年11月19日，国务院批准，撤销扶余县，设立扶余市（县级）。
1992年6月6日，国务院批准撤销扶余市，设立松原市（地级），设立松原市扶余区。
1995年7月20日，国务院批准：设立扶余县，辖扶余区的部分行政区域，县人民政府驻三岔河镇。松原市扶余区更名为松原市宁江区。
2000年，据第五次全国人口普查数据：松原市总人口2766****人。其中：宁江区 5384****人、前郭尔罗斯自治县 5672****人、长岭县 6258****人、乾安县 3007****人、扶余县 7337****人。
2003年，松原市下辖扶余县、前郭县、长岭县、乾安县和宁江区4县1区，设经济技术开发区、农业高新技术开发区和查干湖旅游经济开发区3个省级开发区，设太平川、郭尔罗斯、长山、水字、陶赖昭、蔡家沟、雅达虹等7个市级工业园区。
2013年1月，经国务院批准，撤销扶余县，重新设立扶余市（县级）。重新设立的扶余市由吉林省直辖，松原市代管。