鄄城有文字记载的历史可追溯至五帝时期。
《太平寰宇记》载：“濮州，今治鄄城县。古昆吾旧壤，颛顼遗墟。”
《吕氏春秋》载：“尧葬谷林，舜耕于历山，陶于河滨，渔于雷泽。谷林、历山、雷泽均在县境。
《左传》载：茫茫禹迹，画为九州。夏商时天下分为九州。鄄城属古兖州之域。
春秋时期（前770年--前476年），为卫国鄄邑。
战国时期（前475年--前221年），属齐国甄邑[甄，读juàn，鄄的异体字]。
秦朝（前221年--前206年），改甄邑为鄄城。
西楚（前206年--前202年），县域、隶属关系不变。
西汉（前202年--8年），初始置鄄城县，因境内鄄邑而得名。
三国（220年—265年），属魏兖州东郡鄄城县，济阴郡城阳县地。其间鄄城曾两次改为县王国。
西晋（265年--316年），属兖州濮阳国、济阴郡城阳县地。
东晋十六国（317年--420年），先后属后赵兖州济阴郡、前燕兖州东郡、前秦兖州、后燕兖州东郡，兖州、东郡均治鄄城。
南北朝（420年--581年），先后为北魏、东魏济州濮阳郡鄄城县、城阳县地。
隋朝（581年--619年），先属濮阳郡，后属郓州（治郓城）。文帝开皇十六年（596年），于鄄城置濮州（濮州之名从此始）。
唐朝（618年-907年），初属鄄城县，雷泽县地。唐高祖五德四年（621年），复置濮州及临濮县，并在鄄城县置永定县，在雷泽县置长城、安邱2县。武德八年（625年），废永定县入鄄城县。唐太宗贞观元年（627年），鄄城临濮雷泽3县属河南道。唐玄宗天宝元年（742年），废濮州设濮阳郡，治鄄城。唐肃宗乾元元年（758年），改濮阳郡为濮州。
五代十国（907年--960年），先后为后梁、后唐、后晋、后汉、后周濮州属地。
宋朝（960年--1127年），属京东路濮州鄄城县、临濮、雷泽县地。
金朝（1115年--1234年），属山东西路濮州鄄城县、临濮、雷泽县地。
元朝（1206年--1368年），先后属东平路濮州、中书省济宁路濮州。
明朝（1368年--1644年），初属中枢省濮州。明太祖洪武二年（1369年），废鄄城县入濮州，于鄄城置千户，属东昌府。1376年（洪武九年），为山东承宣布政使司东昌府濮州属地。明代宗景泰二年（1451年），因黄河之患，濮州治由鄄城迁至黄河西之王村集（今河南范县濮城）鄄城古城遂称旧城，一直沿用至今。
清朝（1644年--1912年），初属山东省东昌府濮州地。雍正八年（1730年），升濮州为直隶州，直属山东省。1735年（雍正十三年），又降为散州，改属曹州府。1905年（光绪三十一年），属兖沂曹济道曹州府濮州地。
民国二年（1913年），改濮州为濮县。民国二十年（1931年），“濮鄄分治”，于濮县河东地区复设鄄城县，仍属山东省第二专署。民国二十五年（1936年），并鄄城县入濮县，属山东省第十行政督察专员公署（驻聊城）。民国二十七年（1938年），濮县改属山东省第十六专署（驻菏泽）。民国二十九年（1940年）3月5日，成立鄄城抗日县政府，属运西专署。9月属晋冀鲁豫边区第十七专署。11月属鲁西行政主任公署第二专署。民国三十三年（1944年）8月属冀鲁豫第十八专署。民国三十五年（1946年）2月属冀鲁豫第二专署。
1949年8月，鄄城县属平原省菏泽地区专署。
1953年，属山东省菏泽专署。
1958年10月，属山东济宁专署。
1959年6月，又改属菏泽专署。
1967年，属山东省菏泽地区革命委员会。
1978年，属山东省菏泽地区行政公署。自此，一直属菏泽管辖至今。